Augustenborg havn er en gammel industri og handels havn hvor mange skibe gennem tiderne har lagt til for at få lastet eller losset. Den dag i dag står den store korn silo der stadig som et sikkert pejlemærke, der er synligt på lang afstand. 

Augustenborg havn ligger inderst i Augustenborg fjord, der munder ud i Als fjord, med adgang til Als sund og lillebælt. På den anden side af dæmningen ligger Lillehav, som hverken kan eller må besejles da Lillehav er et naturreservat.